Родился 1 января 1911 года в в семье рабочего. С началом Первой мировой войны с матерью переехал в Рославль. Окончив восемь классов школы, устроился на работу грузчиком, одновременно продолжая учиться в вечерней школе повышенного типа, которую окончил с отличием. Одновременно окончил курсы сортировщиков льна. В августе 1933 года по спецнабору ЦК ВКП(б) поступил в 3-ю военную школу лётчиков и лётнабов имени К. Е. Ворошилова. После её окончания в декабре 1936 года, назначен инструктором-лётчиком 1-го Оренбургского (с 1938 года — Чкаловского) авиационного училища лётчиков. На фронтах Великой Отечественной войны - со 2 июля 1941 года, 218-й штурмовой авиационный полк. К реальной боевой работе Степан Дмитриевич приступил на Ленинградском фронте (с 17 декабря 1941 года — Волховский фронт), куда 218-й штурмовой авиационный полк был переброшен во второй половине ноября 1941 года. За отличие в Тихвинской наступательной операции он был произведён в капитаны. Зимой 1942 года принимал участие в Любанской операции. 18 февраля 1942 года 218-й штурмовой авиационный полк был выведен в резерв Верховного Главнокомандования, а капитан С. Д. Прутков был направлен в запасной полк, где освоил полную программу переобучения на штурмовике Ил-2. Вновь в действующей армии Степан Дмитриевич с 13 июля 1942 года на Сталинградском фронте. Участник Сталинградской битвы. В период обороны Сталинграда капитан Д. С. Прутков неоднократно водил группы Ил-2 на штурмовку мотомеханизированных колонн противника, скоплений его танков и живой силы. В период контрнаступления советских войск под Сталинградом 504-й штурмовой авиационный полк оказывал содействие своим наземным войскам, производя штурмовки переднего края обороны противника, разрушая опорные пункты обороны и подавляя огонь вражеской артиллерии. 17 декабря 1942 года получивший звание майора С. Д. Прутков был назначен командиром полка. Степан Дмитриевич непосредственно руководил действиями полка на Южном фронте во время ликвидации окружённой в Сталинграде группировки немецко-фашистских войск. Под его командованием лётчики полка произвели 949 боевых самолёто-вылетов, нанеся противнику большой урон. Неоценимую помощь эскадрильи полка оказали наземным войскам при овладении сильно укреплённым населённым пунктом Цыбенко. На подступах к посёлку на высоте 111,6 противник разместил несколько артиллерийских батарей, которые не давали продвинуться вперёд советской пехоте. В результате массированного штурмового удара Илов полка Пруткова организованное сопротивление немцев на высоте было полностью подавлено и наземные войска овладели высотой, а 13 января штурмом взяли посёлок Цыбенко. Лично майор С. Д. Прутков к окончанию Сталинградской битвы произвёл 22 боевых вылета, а всего с начала войны — 43 боевых вылета. За массовый героизм лётного состава в ходе Сталинградской битвы приказом НКО СССР № 128 от 18 марта 1943 года полк Пруткова был преобразован в 74-й гвардейский штурмовой авиационный полк, а за особые заслуги при обороне Сталинграда ему было присвоено почётное наименование «Сталинградский». Указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 мая 1943 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство гвардии майору Пруткову Степану Дмитриевичу было присвоено звание Героя Советского Союза. 15 августа 1943 года уже в ходе начавшейся Донбасской операции гвардии майор С. Д. Прутков был назначен заместителем командира 1-й гвардейской штурмовой авиационной дивизии. Так получилось, что во время наступления Степан Дмитриевич остался один на командном пункте дивизии: командир дивизии в это время неотлучно находился в штабе 5-й ударной армии, а начальник штаба дивизии — на КП 4-го механизированного корпуса. Ему самому приходилось оценивать боевую обстановку, намечать приоритетные цели, распределять силы дивизии в соответствии с боевыми задачами. Несмотря на отсутствие опыта руководства таким крупным боевым соединением, как дивизия, лётчики которой совершали по 200—207 самолёто-вылетов ежедневно, Степан Дмитриевич успешно справился со своими обязанностями. Его работа получила высокую оценку командования: он был награждён орденом Отечественной войны 1-й степени и повышен в воинском звании до подполковника. В октябре — ноябре 1943 года принимал деятельное участие в подготовке операций дивизии во время прорыва войсками 4-го Украинского фронта немецкой линии обороны на реке Молочная, форсирования частями 51-й армии залива Сиваш и отражения попытки контрнаступления немцев с Никопольского плацдарма. В период Крымской операции гвардейцы Пруткова способствовали прорыву вражеской обороны на южном берегу залива Сиваш, обеспечивали быстрое продвижение наземных войск 4-го Украинского фронта к Симферополю, участвовали в освобождении города Севастополя. За смелое и мужественное руководство боевыми операциями и за достигнутые в результате этих операций успехи в боях с немецко-фашистскими захватчиками гвардии полковник С. Д. Прутков был награждён орденом Суворова II степени. После освобождения Крыма 1-я гвардейская штурмовая авиационная дивизия была переброшена в Калужскую область. С лета 1944 года и до конца войны дивизия сражалась на 3-м Белорусском фронте в составе 1-й воздушной армии, принимая участие в освобождении Белоруссии. Особенно эффективно действовали гвардейцы во время Витебско-Оршанской операции. В ходе операции «Багратион» полки 1-й гвардейской ШАД участвовали в освобождении Борисова, Минска и Гродно. Лично гвардии полковник С. Д. Прутков в этот период совершил 5 боевых вылетов. Успешные действия дивизии в Белоруссии 5 раз были отмечены в приказах Верховного Главнокомандующего. Во время Мемельской операции полки дивизии Пруткова способствовали овладению городом Расейняй. Вершиной полководческого таланта С. Д. Пруткова стала Инстербургско-Кёнигсбергская операция, составная часть Восточно-Прусской стратегической операции, за которую он был награждён орденом Кутузова I степени. В дальнейшем С. Д. Прутков участвовал в штурме Кёнигсберга и разгроме Земландской группировки противника. За умелое руководство подразделением Степану Дмитриевичу в апреле 1945 года было присвоено звание генерал-майора авиации. На завершающем этапе войны он руководил действиями своей дивизии по овладению городом-крепостью Пиллау. награды: Медаль «Золотая Звезда» (01.05.1943); два ордена Ленина (23.10.1942; 01.05.1943); четыре ордена Красного Знамени (20.04.1942; 07.07.1944; 13.05.1945; 26.10.1955[7]); орден Кутузова 1-й степени (19.04.1945); орден Суворова 2-й степени (16.05.1944); орден Александра Невского (30.03.1944); орден Отечественной войны 1-й степени (08.10.1943); орден Красной Звезды (15.11.1950)[7]; медали, в том числе: медаль «За боевые заслуги» (03.11.1944)[7]; медаль «За оборону Ленинграда» (21.03.1945); медаль «За оборону Сталинграда» (1942); медаль «За взятие Кёнигсберга» (1945). Приказы (благодарности) Верховного Главнокомандующего 31 декабря 1971 года в звании генерал-лейтенанта уволен в отставку. Жил в г. Москве. Скончался 10 апреля 1978 года, похоронен на Кунцевском кладбище столицы.